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Entre un 20% y un 30% de las personas con infección crónica causada por el parásito Trypanosoma cruzi contraen con el tiempo la enfermedad clínica, especialmente sus manifestaciones cardíacas. La enfermedad cardíaca empieza generalmente con alteraciones de la conducción cardíaca, como bloqueo de la rama derecha del haz de His o bloqueo fascicular anterior izquierdo, y años más tarde se puede presentar miocardiopatía dilatada. La enfermedad cardíaca posterior puede venir acompañada a veces de aneurisma apical y formación de trombos.

En forma menos frecuente, los pacientes con la enfermedad de Chagas experimentan síntomas de trastornos gastrointestinales (megasíndromes). El tratamiento antiparasitario no remediará las manifestaciones caracteríasticas de la enfermedad, (por ejemplo, miocardiopatía dilatada, megaesófago), una vez que éstas se hayan presentado.